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Hinsichtlich der Inkubationszeit sind verschiedene Angaben veröffentlicht worden. Im Allgemeinen wird sie mit 2 bis 21 Tagen angegeben, am häufigsten beträgt sie 8–10 Tage.

Nach Ablauf der Inkubationszeit treten Symptome ähnlich wie bei einer beginnenden Grippe auf. Dann folgen hämorrhagisches Fieber (hohes Fieber mit > 38,5 °C in Verbindung mit Blutungen), Leber- und Nieren-funktionsstörungen mit Ödemen, innere Blutungen, Blutungen ins Gewebe (blaue Flecken), blutiger Stuhl und Urin, Schockzustände und 

Kreislaufzusammenbrüche, Krämpfe und Lähmungserscheinungen, Übelkeit mit Erbrechen, Durchfall sowie Haut- und Schleimhautblutungen.

Die Infektion breitet sich auf den ganzen Organismus aus und zerstört die kapillaren Blutgefäße.

Insbesondere führen Blutungen im Magen-Darm-Kanal, in der Milz und in der Lunge zum Tode.

Klinisch ist eine Ebolainfektion in ihrem Erscheinungsbild nicht eindeutig von einer Infektion mit dem Marburg-Virus oder anderen Viren, die hämorrhagisches Fieber auslösen, unterscheidbar.

Diagnose

Das Virus kann nur durch Labordiagnostik im Blut, im Urin oder im Speichel zweifelsfrei nachgewiesen werden. Als Standardverfahren hat sich die Reverse Transkriptase-PCR etabliert, bei der bereits sehr wenige Viruskopien für einen sicheren Nachweis ausreichen.

Auch ein Nachweis der speziellen Antikörper ist möglich, allerdings werden diese häufig erst im späteren Verlauf der Erkrankung gebildet, ihre Abwesenheit kann daher nicht als Ausschlusskriterium einer akuten Infektion gelten.

Der Umgang mit Ebolaviren darf nur in Hochsicherheitslaboren der 

Schutzstufe 4 erfolgen.

Differenzialdiagnose

In der Differenzialdiagnose sind andere Tropenkrankheiten auszuschließen, die sich auch durch Fieber äußern können.

Dies trifft häufig auf Malaria zu. Weiterhin muss abgeklärt werden, ob es sich nicht um einen Fall von viral hervorgerufenem hämorrhagischen Fieber jenseits von Ebolafieber handelt.

Dies ist beispielsweise Denguefieber (verursacht durch das Dengue-Virus), Gelbfieber (verursacht durch das Gelbfieber-Virus), Krim-Kongo-Fieber (verursacht durch das Krim-Kongo-Hämorrhagisches-Fieber-Virus), Lassafieber (verursacht durch das Lassa Virus), Marburgfieber (verursacht durch das Marburg-Virus) oder Infektionskrankheiten verursacht durch Hantaviren oder das Hepatitis-A-Virus.

Ebenso müssen bakterielle Erkrankungen ausgeschlossen werden, wie beispielsweise Typhus abdominalis, Pest, Rickettsiose, Meningokokken-Sepsis oder andere Sepsisformen, Leptospirose, Bakterienruhr oder hämorrhagische Formen des Rückfallfiebers.